Einzelne Module können nicht aus dem Mod_rewrite ausgeschlossen werden. Normalerweise wird die URL automatisch innerhalb von pmx dekodiert und sollte damit eigentlich problemlos funktionieren. Ich habe auch keine Anwendung erlebt, die so nicht funktioniert.
Sicherheitshalber könntest du eine Umschreibung in die htaccess einfügen. Für dein Beispielkönnte das so in der htaccess aussehen:
RewriteRule ^Bewerbung-jobNr-([0-9]+)(-.*)?\.html$ mod.php?name=Bewerbung&jobNr=$1&_MORE_=$2 [L]
Damit kannst du sicherstellen, das genau die gewünschte URL wieder hergestellt wird.
Ansonsten müsste man sich auf dem Server und dem betroffenen Modul mal genauer ansehen können.....